V rámci programu „Školské ovocie“ budú vykonávané viaceré povinné a dobrovoľné hodnotenia, komunikácia a monitorovanie vykonávania programu.
Povinné - kvantitatívne monitorovanie je súčasťou požiadaviek EÚ, ktoré bude vykonávať dodávateľ a predkladať na Pôdohospodársku platobnú agentúru podľa legislatívy SR a aktuálneho metodického postupu pre program „Školské ovocie“. Napr. informácie o počte škôl, počte podporovaných detí a žiakoch alebo mesačné hlásenie o dodaných množstvách a druhoch ovocia a zeleniny. Monitorovanie čerpania financií v súlade s limitom pre SR v aktuálnom školskom roku vykonáva PPA. Výsledky monitorovania financií a finančnú požiadavku na ďalší školský rok predkladá ročne Európskej komisii.
Dobrovoľné - kvalitatívne monitorovanie programu na zdravotné uvedomenie a zníženie výskytu obezity, bude formou dotazníkov, ktoré sú určené pre rodičov alebo žiakov. V prílohe 4 rámcovej Národnej stratégie je modelový dotazník, ktorý nájdu rodičia žiakov zapojených do programu „Školské ovocie“ na tejto stránke v národnej stratégií, v časti prílohy. Škola môže pomôcť pri distribúcii dotazníka.
Zber údajov a vyhodnocovanie bude vykonávané prostredníctvom poradní verejného zdravia Regionálnych úradov verejného zdravotníctva SR. Školy môžu s poradňami zdravia spolupracovať aj pri tvorbe výchovných programov, kampaní a rozširovaní informácií o programe na lokálnej a regionálnej úrovni.
Každý členský štát v súlade s legislatívou EÚ a v stanovených termínoch oznamuje Európskej komisii výsledky celkového hodnotenia účinnosti programu. Najbližšie celkové hodnotenie programu predkladajú členské štáty do konca februára 2017 ( povinné - v súlade s čl. 12 ods. 2 a 3 nariadenia Komisie (ES) č. 288/2009 v platnom znení).